Le territoire de l'Etat de Palestine tel qu'il est revendiqué comprend la Cisjordanie, Jérusalem-Est et la bande de Gaza. Ces ensembles totalisent environ six mille kilomètres carrés et relèvent de régimes juridiques distincts, hérités des accords intérimaires des années 1990 et de la division politique intervenue en 2007.
La Cisjordanie s'étend sur près de cinq mille six cents kilomètres carrés entre la ligne de démarcation de 1949 et le Jourdain. Ramallah accueille le siège de l'Autorité palestinienne et la plupart des ministères. Naplouse et Hébron constituent les principaux pôles démographiques et économiques, la seconde connaissant un régime de circulation particulier dans sa vieille ville. Bethléem vit largement du pèlerinage chrétien, tandis que Jénine et Tulkarem bordent la limite occidentale du territoire.
Jérusalem-Est a été occupée en 1967 puis annexée par Israël, mesure que le Conseil de sécurité des Nations unies a déclarée nulle et non avenue. Les autorités palestiniennes y revendiquent la capitale de leur Etat. La ville abrite l'esplanade des Mosquées et le Saint-Sépulcre, ainsi qu'une vie associative fortement contrainte depuis la fermeture d'institutions palestiniennes au début des années 2000.
La bande de Gaza couvre environ trois cent soixante-cinq kilomètres carrés le long de la Méditerranée, entre Israël et l'Egypte. Gaza et Khan Younès en sont les deux principales agglomérations, complétées par Rafah, Deir al-Balah et Jabalia. Le territoire subit un blocus depuis 2007 et, depuis octobre 2023, des destructions massives que documentent les agences des Nations unies.
L'administration palestinienne divise le territoire en seize gouvernorats, onze en Cisjordanie et cinq dans la bande de Gaza. Chacun est dirigé par un gouverneur nommé par la présidence.
L'accord intérimaire signé en 1995 a réparti la Cisjordanie en trois catégories. La zone A, qui représente environ dix-huit pour cent du territoire, relève de l'Autorité palestinienne pour l'administration civile et la sécurité. La zone B, proche de vingt-deux pour cent, associe administration palestinienne et contrôle sécuritaire israélien. La zone C, soit environ soixante et un pour cent, demeure sous contrôle israélien complet. Ce découpage devait rester transitoire, mais les transferts prévus n'ont pas eu lieu.
Les colonies israéliennes établies depuis 1967 se concentrent en zone C et à Jérusalem-Est. Les estimations disponibles pour 2023 font état d'environ cinq cent mille colons en Cisjordanie hors Jérusalem-Est, auxquels s'ajoute une population nombreuse dans la partie orientale de la ville, les périmètres retenus variant selon les sources. Dans son avis consultatif du 19 juillet 2024, la Cour internationale de justice a estimé que la présence israélienne dans le territoire palestinien occupé était illicite et que la colonisation devait cesser.